Organisationen består av en politisk organisation och en förvaltningsorganisation. Något förenklat kan förhållandet mellan den politiska organisation och förvaltningsorganisation beskrivas som att politikerna beslutar vad som ska göras, medan tjänstemännen genomför beslutet genom att ansvara för hur det ska göras.
En översiktlig organisationskarta över kommunens verksamheter finns här (pdf).
Organisationen är politiskt styrd. Om du har rösträtt i kommunen så kan du vart fjärde år vara med och påverka vilka partier som ska vara representerade i fullmäktige. När fullmäktige sammanträder för första gången efter valet utses vilka personer som ska sitta i kommunstyrelsen och nämnderna.
I varje kommun ska det finnas ett kommunfullmäktige, en kommunstyrelse och nämnder som utför de uppgifter som kommunen är skydlig att utföra enligt olika lagar (kommunallagen 3 kap. 1-5 §). Lagen kräver att det ska finnas en valnämnd (vallagen 3 kap. 3 §), en överförmyndarnämnd eller överförmyndare (föräldrabalken 19 kap. 1-2 §) och en krisledningsnämnd (lag om kommuners och landstings åtgärder inför och vid extraordinära händelser i fredstid och höjd beredskap 2 kap. 2 §). Iövrigt bestämmer kommunen själv vilka nämnder den ska inrätta.
Den politiska organisationen består av kommunfullmäktige, kommunstyrelsen, samhällsbyggnadsnämnden, utbildnings- och omsorgsnämnden samt valnämnden. Kommunfullmäktige har valt att ingå i en gemensam överförmyndarnämnd tillsammans med andra kommuner i Uppsala län. Kommunstyrelsens arbetsutskott är kommunens krisledningsnämnd. I organisationen ingår även politiskt valda revisorer.
Kommuner kan under vissa förutsättningar välja att bedriva verksamheter i bolagsform, antingen enskilt eller tillsammans med andra kommuner genom så kallade samverkansbolag. Kommunen äger ett eget kommunalt bolag och är delägare i två samverkansbolag. Två eller fler kommuner kan också samverka genom ett så kallat kommunalförbund. Kommun är medlem i fem kommunalförbund där bolagen och förbunden styrs av politiskt utsedda representanter.
Varje nämnd har en egen förvaltning som arbetar utifrån lagens krav på verksamheterna och för att genomföra de politiska besluten.
Det finns runt 700 personer med tillsvidareanställning eller vikariat längre än tre månader inom förvaltningarna. Med de timanställda omfattar personalen runt 1 100 personer. Majoriteten av de anställda återfinns inom utbildnings- och omsorgsförvaltningen.
I kommunen jobbar bland annat administratörer, sjuksköterskor, utredare, lärare, ekonomer, handläggare, inspektörer inom livsmedel, miljö och djurskydd, IT-tekniker, förskollärare, undersköterskor, vaktmästare, barnskötare, socialsekreterare och elevassistenter.